Menschen haben 23 Chromosomenpaare. Auf einem davon sind die Chromosomen, die das Geschlecht bestimmen. Bei Frauen sind beide geschlechtsbestimmenden Chromosomen X-Chromosomen (XX), und bei Männern besteht das Paar aus einem X-Chromosom und einem Y-Chromosom (XY).

Das Gen, das das Enzym I2S codiert, nennt man IDS und befindet sich auf dem X-Chromosom. Deshalb wird Morbus Hunter auch über das X-Chromosom vererbt.

Morbus Hunter wird rezessiv vererbt. Das bedeutet, dass die Krankheit nicht ausbricht wenn die Person eine gesunde Genkopie bzw. ein gesundes X-Chromosom hat.

Männer haben nur ein X-Chromosom. Das bedeutet, dass sich Morbus Hunter bei Männern immer entwickelt wenn das X-Chromosom das mutierte IDS-Gen hat. Deshalb tritt Morbus Hunter so viel häufiger bei Jungen auf, als bei Mädchen. Bei ihnen reicht eine einzige mutierte Kopie des IDS-Gens aus, um Morbus Hunter zu entwickeln.

Männer geben nur ein X-Chromosom an ihre Töchter weiter. Daher wird die Tochter eines Mannes mit Morbus Hunter das mutierte Gen erben. Männer geben an ihre Söhne nur ihr Y-Chromosom weiter. Daher können sie keine mutierten IDS-Gene an sie vererben.

Frauen mit einem mutierten IDS-Gen auf einem X-Chromosom und einem gesunden Gen auf dem anderen X-Chromosom entwickeln keinen Morbus Hunter, sind aber Trägerinnen der Erkrankung. Das bedeutet, sie können das mutierte IDS-Gen an ihre Kinder weitergeben. Jede Frau gibt eines ihrer zwei X-Chromosomen an ihr Kind weiter. Das bedeutet, die Wahrscheinlichkeit, dass das mutierte IDS-Gen weitergegeben wird, liegt bei 50 %.

Frauen können in sehr seltenen Fällen Morbus Hunter entwickeln. Das kann passieren, wenn das X-Chromosom mit der gesunden Kopie des IDS-Gens ein anderes Problem hat, oder sie könnte zwei X-Chromosomen geerbt haben, die das mutierte Gen enthalten.